Система DOI возникла в результате совместной инициативы трех торговых ассоциаций издательской индустрии (Международная ассоциация издателей, Международная ассоциация научных, технических и медицинских издателей, Ассоциация американских издателей). Хотя DOI возник в текстовой публикации, он был задуман как общая структура для управления идентификацией контента в цифровых сетях, признавая тенденцию к цифровой конвергенции и доступности мультимедиа. О системе было объявлено на Франкфуртской книжной ярмарке 1997 года. Международный фонд DOI® (IDF) был создан для разработки и управления системой DOI также в 1997 году.
С самого начала IDF работала с Корпорацией национальных исследовательских инициатив (CNRI) в качестве технического партнера, используя систему обработки, разработанную CNRI, в качестве компонента цифровой сети системы DOI. CNRI остается техническим партнером IDF.
С 1998 г. Фонд тесно сотрудничал с проектом indecs (1998–2000 гг.) и рядом последующих и продолжающихся инициатив, основанных на нем. Инфраструктура indecs лежит в основе модели данных DOI, а также Vocabulary Mapping Framework (VMF). IDF теперь размещает веб-сайт VMF и участвует в управлении VMF; словарь данных IDF является пространством имен внутри VMF.
Первое применение системы DOI, цитирование электронных статей Регистрационным агентством Crossref, было запущено в 2000 году. С тех пор в других секторах, например, в управлении активами индустрии развлечений, в данных и в некоторых языки.
В 2000 году синтаксис DOI был стандартизирован через NISO. Система DOI была утверждена в качестве стандарта ISO в 2010 году.
DOI — это зарегистрированный URI в пространстве имен info-URI (IETF RFC 4452, схема URI «info» для информационных ресурсов с идентификаторами в общедоступных пространствах имен). Имена DOI также могут быть выражены в виде URL-адресов (URI) через прокси-сервер http:.